クリーンインストールで何が初期化されますか？

.agents/orchestra、.codex、.orchestraは削除後に再作成されます。 プロジェクト所有のskillとAGENTS.md・.git/info/excludeの管理ブロックも再作成されます。 他ownerのskill、管理ブロック外の内容、repositories配下は保持されます。